หนึ่งในประเด็นสำคัญที่เกี่ยวกับมติการจัดการภัยพิบัติฯ ซึ่งสมาชิกสมัชชาสุขภาพแห่งชาติ ได้หยิบยกมาถกแถลงคือ การขอให้ภาครัฐทบทวนกลไกการบริหารจัดการของตนเองที่มีอยู่ ก่อนที่จะตั้งหน่วยงานพิเศษมาทำงานทับซ้อนกัน
ดังที่ผู้แทนเครือข่ายสมัชชาสุขภาพจังหวัดตราดได้เสนอให้ภาครัฐพิจารณาหน้าที่ขอบเขตความรับผิดชอบของคณะกรรมการป้องกันและบรรเทาสาธารณภัยแห่งชาติ ซึ่งถูกมองข้ามไปในช่วงมหาอุทกภัยที่ผ่านมา โดยรัฐบาลได้ตั้งศูนย์ปฏิบัติการช่วยเหลือผู้ประสบอุทกภัย หรือ ศปภ. ขึ้นมาทำหน้าที่แทน ถือเป็นการทำงานที่ทับซ้อนกันอยู่ และยังสุ่มเสี่ยงต่อการแทรกแซงของอำนาจทางการเมืองด้วย
นอกจากนี้ จากมติ ยังระบุขอให้รัฐบาลจัดตั้งกองทุนระดับชาติ และคณะกรรมการบริหารกองทุนที่มาจากหลายภาคส่วน เพื่อสนับสนุนกลไกการบริหารจัดการภัยพิบัติฯ ได้ขยับอย่างคล่องตัว ไม่ติดขัด โดยเฉพาะการหนุนเสริมการจัดการภัยพิบัติฯ ระดับชุมชนท้องถิ่น ซึ่งในมติ ได้มอบหมายให้สถาบันการแพทย์ฉุกเฉินแห่งชาติ หรือ สพฉ. ร่วมกับกรมป้องกันและบรรเทาสาธารณภัยเป็นหน่วยงานหลักรับผิดชอบการดำเนินงาน